จ็อนเบอเน แพทริเชีย แรมซีย์ (อังกฤษ: JonBen?t Patricia Ramsey; 6 สิงหาคม 1990 – 25 ธันวาคม 1996) เป็นชาวอเมริกันผู้เข้าประกวดนางงามเด็ก ซึ่งถูกฆ่าที่บ้านในเมืองโบลเดอร์ รัฐโคโลราโด สหรัฐอเมริกา ในปี 1996 เมื่ออายุได้หกปี โดยเจ้าพนักงานตำรวจพบศพของเธอที่ชั้นใต้ดินของบ้านแปดชั่วโมงหลังบิดามารดาร้องทุกข์ว่า เธอหายไป ชันสูตรพลิกศพพบว่า ถูกตีศีรษะและรัดคอจนตาย แม้คณะลูกขุนใหญ่ไต่สวนหลายครั้งแล้ว คดียังมิได้รับการคลี่คลาย และเป็นที่สนใจของสาธารณชนและสื่อมวลชนจนบัดนี้
เมื่อแรก เจ้าพนักงานรัฐโคโลราโดสงสัยว่า บิดา มารดา หรือพี่ชายของจ็อนเบอเนฆ่าเธอ แต่คนเหล่านี้พ้นข้อสงสัยบางส่วนไปในปี 2003 เมื่อดีเอ็นเอที่ได้จากเสื้อผ้าของผู้ตายพิสูจน์ว่า พวกเขาไม่เกี่ยวข้อง และพ้นข้อสงสัยโดยสิ้นเชิงในเดือนกรกฎาคม 2008 ครั้นเดือนกุมภาพันธ์ ปีถัดมา อัยการแขวงส่งสำนวนคดีคืนให้กรมตำรวจเมืองโบลเดอร์ไปสอบสวนใหม่ และกระบวนการยังดำเนินอยู่ในปัจจุบัน
รายงานของสื่อมวลชนมักว่าด้วยบทบาทของจ็อนเบอเนในการประกวดนางงามเด็ก ความมั่งคั่งของบิดามารดาเธอ และพยานหลักฐานอันผิดประหลาดในสำนวน ทั้งยังตั้งคำถามเรื่องการทำคดีของเจ้าพนักงานตำรวจโดยรวมด้วย เป็นเหตุให้ครอบครัวของจ็อนเบอเน และมิตรสหายของครอบครัวนี้ กับสื่อมวลชนหลายราย ฟ้องร้องกันฐานหมิ่นประมาทอยู่หลายคดี
จ็อนเบอเนเป็นบุตรของจอห์น เบนเนต แรมซีย์ (John Bennett Ramsey) กับ แพทริเชีย หรือแพตซีย์ แอน แรมซีย์ (Patricia 'Patsy' Ann Ramsey) เกิดที่เมืองแอตแลนตา รัฐจอร์เจีย เมื่อวันที่ 6 สิงหาคม 1990 ชื่อ "จ็อนเบอเน" นั้นเอาชื่อต้นและชื่อกลางของบิดามาประสมกันตั้ง ส่วนชื่อ "แพทริเชีย" นั้นเอาชื่อต้นของมารดาของตั้ง ครั้นอายุได้เก้าเดือน ครอบครัวย้ายรกรากไปเมืองโบลเดอร์ รัฐโคโลราโด
นางแรมซีย์มักส่งบุตรเข้าแข่งขันหลายอย่างในหลาย ๆ รัฐโดยออกค่าใช้จ่ายเอง โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ประกวดนางงาม, ไต่ภูเขา และเล่นไวโอลิน ซึ่งภายหลังสื่อมวลชนพากันกลั่นกรองและประณามนางแรมซีย์ในเรื่องเหล่านี้เป็นอันมาก
ศพของจ็อนเบอเนฝังไว้ที่ป่าช้าวัดเซนต์เจมส์ เมืองแมรีเอตตา รัฐจอร์เจีย โดยเมื่อเอลิซาเบธ แพสช์ แรมซีย์ (Elizabeth Pasch Ramsey) บุตรของนายแรมซีย์กับภริยาเก่า ประสบอุบัติเหตุทางรถยนต์ตายในปี 1992 อายุได้ยี่สิบสองปี และเมื่อนางแรมซีย์ตายในปี 2006 ด้วยมะเร็งปากมดลูก อายุได้สี่สิบเก้าปี แล้ว ก็นำศพของทั้งสองมาฝังไว้เคียงข้างจ็อนเบอเนตามลำดับ
คุณแรมซีย์ ฟังให้ดี! เราคือกลุ่มคนซึ่งเป็นตัวแทนชาวต่างด้าวกลุ่มย่อย เราย่อมเคารพธุรกิจของคุณ แต่ไม่เคารพประเทศที่คุณทำธุรกิจด้วย เวลานี้ เราได้ลูกสาวของคุณไว้ในครอบครองของเราแล้ว เธอปลอดภัยไม่เจ็บไม่ไข้ และถ้าคุณยังอยากให้เธอได้อยู่ชมปี 1997 ต่อแล้วก็ คุณต้องทำตามที่เราสั่งในจดหมายนี้ คุณจงถอนเงิน 118,000.000$ จากบัญชีคุณ โดยให้เงิน 100,000$ เป็นแบงก์ 100$ ส่วนที่เหลืออีก 18,000$ ให้เป็นแบงก์ 20$ จงตรวจตราให้ดีว่า คุณนำเงินมาตามขนาดที่ถูกต้องแล้ว เมื่อคุณถึงบ้าน จงใส่เงินในถุงกระดาษสีน้ำตาล พรุ่งนี้ตอนแปดโมงถึงสิบโมงเช้า เราจะโทร.มาบอกคุณว่า ให้คุณส่งเงินมาอย่างไร คุณจะต้องใช้พลังงานมากในการส่งเงิน ดังนั้น เราขอแนะนำให้คุณพักผ่อนให้เต็มที่ ถ้าเราจับตาดูพบว่า คุณได้เงินมาเร็ว เราก็อาจโทร.หาคุณเร็ว เพื่อนัดหมายส่งมอบเงินกันให้เร็วขึ้น และคุณก็จะได้ลูกสาวกลับไปเร็วขึ้นนั่นเอง ขัดคำสั่งเรานิดเดียว ลูกคุณจะถูกฆ่าทันที และคุณจะไม่ได้ศพเธอไปฝังตามประเพณีด้วย สุภาพบุรุษสองท่านที่คอยพิทักษ์รักษาลูกสาวคุณไม่นิยมคุณอย่างหนัก ดังนั้น เราขอเตือนคุณว่า อย่าไปแหย่ท่านทั้งสองนั้นทีเดียว บอกเรื่องของคุณให้ใครก็ตามรู้ อย่างตำรวจ, เอฟบีไอ ฯลฯ ลูกคุณจะถูกกุดหัวตอบแทน ถ้าเราจับได้ว่า คุณบอกหมารองบาทพวกมันรู้ เธอชะตาขาดแน่ ถ้าคุณส่งสัญญาณให้เจ้าหน้าที่แบงก์รู้แล้วก็ เธอจบชีวิตแน่ ถ้าทำเครื่องหมายหรือเล่นตุกติกอย่างใด ๆ กับเงิน เธอจะไม่รอด คุณจะถูกสแกนตรวจหาอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์ และถ้าเจอแม้แต่ชิ้นเดียว เธอจบเห่ คุณจะลองเล่นตลกกับเราก็ได้ แต่รู้ไว้เสียด้วยว่า เราเจอมาตรการดัดหลังและกลเม็ดเด็ดพรายของพวกบ้านเมืองมาโชกโชนแล้ว ถ้าคุณคิดจะชิงไหวชิงพริบกับเรา โอกาสที่ลูกสาวคุณจะถูกเชือดมี 99% จงเชื่อฟังคำสั่งเรา แล้วคุณจะมีสิทธิได้เธอคืนไป 100% เราเฝ้ามองคุณ และครอบครัวคุณ รวมถึงพวกเจ้าหน้าที่อยู่เป็นระยะ ๆ อย่าคิดอวดฉลาด จอห์น เศรษฐีเงินถุงเงินถังแถวนี้มีถมเถไป อย่าคิดว่าฆ่าใครสักคนเป็นเรื่องยากสิ อย่าประเมินเราต่ำไปนะจอห์น ใช้สามัญสำนึกแบบคนใต้ที่คุณมีให้ดี ๆ ล่ะ ตอนนี้จะทำอย่างไรก็แล้วแต่คุณแล้ว จอห์นเอ๋ย! โชคดีมีชัย! เอส.บี.ที.ซี.
นางแรมซีย์ให้การเมื่อวันที่ 26 ธันวาคม 1996 ว่า เมื่อวาน นางรู้ว่าจ็อนเบอเนหายไปหลังพบจดหมายเรียกค่าไถ่ฉบับหนึ่งความยาวสองหน้าครึ่งวางอยู่บนกระไดครัวเรียกเอาเงินหนึ่งแสนหนึ่งหมื่นแปดพันดอลลาร์สหรัฐแลกกับการปล่อยตัวบุตรของนางอย่างปลอดภัย โดยเงินที่เรียกร้องนี้ตรงกับจำนวนเงินปันผลที่นางและสามีได้รับเมื่อต้นปีไม่ผิดเพี้ยน แม้คำสั่งในจดหมายเรียกค่าไถ่ว่า ห้ามแจ้งคนอื่นทราบ แต่นางแรมซีย์โทรศัพท์ร้องทุกข์ต่อเจ้าพนักงานตำรวจและบอกญาติมิตรพร้อมสรรพ เจ้าพนักงานตำรวจค้นบ้านอย่างรวดเร็ว แต่ไม่พบร่องรอยบุกรุกหรือลักลอบเข้ามาอันผิดสังเกต จอห์น เฟอร์นี (John Fernie) เพื่อนของนายแรมซีย์ รุดไปเบิกเงินให้ในเช้าวันนั้นเอง
บ่ายวันเดียวกัน ลินดา อาร์นต์ (Linda Arndt) พนักงานสอบสวนเมืองโบลเดอร์ แจ้งให้ฟลีต ไวต์ (Fleet White) เพื่อนของครอบครัวแรมซีย์ ไปตามนายแรมซีย์มาร่วมตรวจหา "สิ่งผิดปรกติ" ในบ้านเขา ทั้งหมดเริ่มค้นที่ชั้นใต้ดินก่อน เมื่อค้นห้องน้ำและ "ห้องรถไฟ" เสร็จเป็นหนแรกแล้วจึงไปค้น "ห้องเก็บเหล้า" ต่อ ณ ที่นั้น พวกเขาพบร่างของจ็อนเบอเนมีผ้าห่มสีขาวปกคลุมอยู่ มีเชือกไนลอนสีขาวพันรอบคอ ข้อมือถูกผูกไว้เหนือศีรษะ และมีเทปกาวปิดปาก
ในโอกาสต่อมา เจ้าพนักงานตำรวจว่า ครอบครัวแรมซีย์ทำผิดหลายอย่างซึ่งส่งผลเสียร้ายแรงสอบสวน เช่น ไม่ได้ขึงป้ายห้ามคนนอกเข้าที่เกิดเหตุ ทั้งเมื่อร้องทุกข์คนถูกลักพาแล้ว ยังปล่อยให้ญาติมิตรเข้าออกบ้านตามใจชอบด้วย มีผู้วิพากษ์วิจารณ์การสอบสวนว่า เจ้าพนักงานไม่พยายามรวบรวมพยานหลักฐานทางนิติวิทยาศาสร์ทั้งก่อนและหลังพบศพจ็อนเบอเนให้ดี ซึ่งอาจเป็นเพราะเจ้าพนักงานมาเฉลียวใจเอาทีหลังว่านายและนางแรมซีย์อาจมีส่วนในฆาตกรรมได้ เจ้าพนักงานบางคนที่สงสัยนายและนางแรมซีย์ได้ให้สัมภาษณ์เรื่องนั้นแก่สื่อมวลชนท้องถิ่น และสื่อเริ่มเสนอข่าวจ็อนเบอเนถูกฆ่าตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม ปีถัดมา โดยรายงานว่า "รองอัยการแขวงเห็นว่า '[ข้อสงสัยดังกล่าว] ไม่ช่วยอะไรเลย'" นอกจากนี้ พนักงานสอบสวนยังว่า ข้อเท็จจริงที่ว่าพบศพเด็กหญิงในบ้านเธอเองนั้นชวนสงสัยเป็นอันมาก
ชันสูตรพลิกศพพบว่า จ็อนเบอเนตายเพราะถูกรัดคอและกะโหลกแตก โดยคอนั้นถูกเชือกรัดแล้วขันให้ตึงด้วยด้ามพู่กันหัก ส่วนกะโหลกนั้นถูกวัตถุทื่อตีอย่างแรงจนบาดเจ็บสาหัส ทั้งนี้ ไม่ปรากฏพยานหลักฐานว่า จ็อนเบอเนถูกข่มขืนกระทำชำเราก่อนตาย แต่ไม่อาจยืนยันได้ว่า ถูกกระทำอนาจารหรือไม่ เจ้าพนักงานบันทึกสาเหตุการตายว่า คือ ขาดอากาศหายใจเพราะถูกรัดคอประกอบกับบาดเจ็บที่กะโหลกและสมอง (asphyxiation due to strangulation associated with craniocerebral trauma)
เจ้าพนักงานค้นบ้านเกิดเหตุอย่างถี่ถ้วนหลายวัน และพบปลายพู่กัน (ซึ่งด้ามใช้ขันเชือกรัดคอจ็อนเบอเน) ในถังใส่อุปกรณ์วาดเขียนของนางแรมซีย์ ผู้เชี่ยวชาญว่า เงื่อนแบบที่ใช้รัดคอจ็อนเบอเนนั้นมิใช่ผูกง่าย ต้องอาศัยความรู้ความชำนาญเป็นพิเศษทีเดียว
ขณะที่ผลการชันสูตรพลิกศพยังเปิดเผยด้วยว่า จ็อนเบอเนบริโภคสับปะรดสองสามชั่วโมงก่อนถูกฆ่า ภาพถ่ายบ้านตระกูลแรมซีย์ในวันเกิดเหตุนั้นปรากฏว่า มีสับปะรดชามหนึ่งวางอยู่บนโต๊ะในครัว มีช้อนเสียบอยู่ และเจ้าพนักงานตำรวจแจ้งว่า ตรวจพบลายนิ้วมือของเบิร์ก แรมซีย์ (Burke Ramsey) พี่ชายวัยเก้าปีของผู้ตาย ที่ชามนั้น อย่างไรก็ดี ทั้งนายและนางแรมซีย์ว่า จำไม่ได้ว่า วางชามสับปะรดดังกล่าวไว้ในครัว หรือให้จ็อนเบอเนรับประทานสับปะรด นอกจากนี้ ยังว่า เบิร์กหลับอยู่ตลอดเวลาขณะเกิดเหตุ มาตื่นเอาเมื่อเจ้าพนักงานตำรวจมาที่บ้านแล้วสองสามชั่วโมง
อนึ่ง มีรายงานว่า ไม่ปรากฏว่า มีรอยเท้าเข้าสู่ชายคาบ้านจากลานหิมะนอกบ้าน และมีรายงานอีกฉบับว่า หิมะรอบ ๆ ประตูบ้านถูกกวาดทิ้ง เจ้าพนักงานตำรวจว่า ไม่มีร่องรอยบุกรุกเข้าบ้าน แต่ปีถัดมากลับว่า ในวันเกิดเหตุ บ้านไม่น่าจะปลอดภัย เพราะหน้าต่างชั้นใต้ดินแตกมาก่อนวันคริสตสมภพแล้ว และประตูบ้านยังเปิดทิ้งไว้ด้วย
ในเดือนธันวาคม 2003 พนักงานสอบสวนฝ่ายนิติวิทยาศาสตร์สกัดสารจากตัวอย่างโลหิตคละ (mixed blood sample) ซึ่งพบที่กางเกงชั้นในของจ็อนเบอเนได้เพียงพอที่จะสร้างประวัติดีเอ็นเอ ดีเอ็นเอดังกล่าวได้รับการส่งไปยังสำนักงานสอบสวนกลางแห่งสหรัฐอเมริกาเพื่อเข้าสู่ระบบดัชนีดีเอ็นเอรวม (Combined DNA Index System) อันเป็นฐานข้อมูลดีเอ็นเอมากกว่าหนึ่งล้านหกแสนชนิดที่สกัดมาจากนักโทษคดีอุกฉกรรจ์ พบว่า ดีเอ็นเอข้างต้นเป็นของชายนิรนาม เพราะไม่พ้องกับบรรดาที่มีอยู่ในฐานข้อมูล ทว่า สำนักงานสอบสวนกลางยังคงตรวจดีเอ็นเอเช่นว่าอยู่ทุกสัปดาห์เพื่อหาความสอดคล้องบางส่วนให้ได้จนบัดนี้
อนึ่ง การสอบสวนในโอกาสต่อมายังพบว่า เพื่อนบ้านแรมซีย์ถูกลักทรัพย์ในยามวิกาลมากกว่าหนึ่งร้อยครั้งในหลายเดือนติดต่อกันก่อนที่จ็อนเบอเนจะถูกฆ่า และมีผู้เคยกระทำความผิดเกี่ยวกับเพศจำนวนสามสิบแปดคนอาศัยอยู่ในรัศมีสามกิโลเมตร (สองไมล์) จากบ้านตระกูลแรมซีย์ อันเป็นย่านชุมนุมชนส่วนใหญ่ของเมืองโบลเดอร์ กระนั้น ไม่ปรากฏว่า ผู้กระทำความผิดเหล่านี้มีส่วนในฆาตกรรมจ็อนเบอเนแต่ประการใด
วันที่ 16 สิงหาคม 2006 จอห์น มาร์ก คาร์ (John Mark Karr) หรือบัดนี้เปลี่ยนชื่อเป็น อเล็กซีส เรค (Alexis Reich) อดีตครูวัยสี่สิบเอ็ด ถูกจับที่เขตสาทร กรุงเทพมหานคร ประเทศไทย โดยเจ้าพนักงานตำรวจไทย และถูกตั้งข้อหาใช้เด็กผลิตสื่อลามก เจ้าพนักงานตามเขาเจอโดยอาศัยอินเทอร์เน็ต หลังเขาส่งไปรษณีย์อิเล็กทรอนิกส์ว่าด้วยคดีฆาตกรรมจ็อนเบอเนไปหาไมเคิล เทรซีย์ (Michael Tracey) อาจารย์คณะวารสารศาสตร์ มหาวิทยาลัยโคโลราโด (University of Colorado) และขณะถูกสอบสวนที่เทศมณฑลโซโนมา รัฐแคลิฟอร์เนีย คาร์ภาคเสธว่า เขาอยู่กับจ็อนเบอเนตอนเธอตาย แต่ความตายของเธอนั้นเป็นอุบัติเหตุ ครั้นเจ้าพนักงานถามว่า จะปฏิเสธข้อกล่าวหา (ว่าฆ่าจ็อนเบอเน) หรือไม่ เขาว่า "ไม่"
อย่างไรก็ดี ดีเอ็นเอของคาร์ไม่ต้องกับที่พบบนศพจ็อนเบอเน เจ้าพนักงานจึงเห็นว่า เขากล่าวเท็จเพื่อต้องการชื่อเสียง และวันที่ 28 เดือนนั้นเอง พนักงานอัยการสั่งไม่ฟ้องคาร์ในข้อหาฆ่าจ็อนเบอเน ลุเดือนธันวาคม ปีเดียวกัน ข้าราชการกระทรวงความมั่นคงแห่งชาติว่า เจ้าหน้าที่สำนักงานสอบสวนกลางฯ จะตรวจสอบต่อไปว่าแท้จริงแล้วคาร์มีส่วนในการฆ่าจ็อนเบอเนหรือไม่อย่างไร ภายหลังจึงให้คำตอบว่า ไม่พบพยานหลักฐานว่า คาร์ ซึ่งเป็นชาวรัฐแอละแบมา ได้อยู่ใกล้เมืองโบลเดอร์ในช่วงเกิดเหตุเลย
อย่างไรก็ดี สื่อมวลชนตั้งข้อสังเกตว่า พยานหลักฐานที่เชื่อมโยงคาร์กับฆาตกรรมจ็อนเบอเนนั้นเป็นพยานหลักฐานที่แวดล้อมกรณีอย่างยิ่ง ซ้ำลายมือของคาร์ยังเหมือนกับลายมือในจดหมายเรียกค่าไถ่ และคาร์เขียนอักษร E, T และ M ด้วยรูปแบบเฉพาะตัวเป็นอันมาก
วันที่ 9 กรกฎาคม 2008 สำนักงานอัยการแขวงประจำเมืองโบลเดอร์ว่า ได้สุ่มตัวอย่างดีเอ็นเอและใช้เทคนิคทดลองบางประการที่พัฒนาใหม่แล้ว เป็นผลให้บรรดาสมาชิกครอบครัวแรมซีย์พ้นข้อสงสัยทั้งปวงในคดี วันนั้นเอง แมรี เลซี (Mary Lacy) อัยการแขวง จึงขอโทษนายแรมซีย์เป็นลายลักษณ์อักษรว่า
"พยานหลักฐานทางวิทยาศาสตร์ชิ้นใหม่นี้ยังให้เราเชื่อมั่น...พอที่จะกล่าวว่า เรามิได้ถือว่า ครอบครัวแน่นแฟ้นของคุณ รวมถึงคุณ ภริยาของคุณ และเบิร์ก บุตรชายคุณ ต้องสงสัยว่ากระทำความผิดอาญานี้อีก...
"การที่ดีเอ็นเอสองจุดของชายคนหนึ่งซึ่งปรากฏแยกกันอยู่บนผ้าผ่อนที่ผู้ตายสวมใส่เมื่อถูกฆ่านั้นสัมพันธ์กัน ทำให้เราประจักษ์ว่า มีชายนิรนามได้สัมผัสผ้าผ่อนเหล่านี้...เราขอแสดงความเสียใจอย่างสุดซึ้งที่ทำให้สาธารณชนเข้าใจว่า คุณมีส่วนในความผิดอาญาครั้งนี้ ผู้บริสุทธิ์ไม่ควรถูกศาลแห่งความคิดเห็นสาธารณชนไต่สวนกว้างขวางถึงเพียงนั้น โดยเฉพาะอย่างยิ่ง เมื่อเจ้าหน้าที่บ้านเมืองปราศจากพยานหลักฐานเพียงพอจะตั้งกระบวนพิจารณาในศาลยุติธรรมด้วยแล้ว...เราเห็นใจคุณมากที่คุณได้เผชิญความสูญเสียแสนสาหัส เราจึงตกลงใจว่า ต่อนี้ไป เราจะถือว่า คุณเป็นผู้เสียหายในความผิดอาญานี้...เราตระหนักดีว่า ยังคงมีผู้ไม่เห็นด้วยกับข้อสรุปของเรา แต่ดีเอ็นเอเป็นพยานหลักฐานทางนิติวิทยาศาสตร์อันน่าเชื่อถือมากที่สุดเท่าที่เราคาดหวังว่าจะหาได้ และเราก็อาศัยพยานหลักฐานเช่นว่านี้เสมอเพื่อนำพาความยุติธรรมให้แก่บรรดาผู้กระทำความผิดอาญา เรายินดียิ่งที่พยานหลักฐานทั้งมวลช่วยให้เราได้ข้อสรุปอันแน่นแฟ้นว่า พยานหลักฐานทางนิติวิทยาศาสตร์ชี้ว่า ครอบครัวคุณบริสุทธิ์ผุดผ่อง"
ในเดือนมกราคม 2009 สแตน การ์เนต (Stan Garnett) เข้ารับตำแหน่งอัยการแขวงคนใหม่ประจำเมืองโบลเดอร์ เขาหมายใจจะรื้อคดีฆาตกรรมจ็อนเบอเน ครั้นวันที่ 2 กุมภาพันธ์ 2009 มาร์ก เบกเนอร์ (Mark Beckner) ผู้บัญชาการตำรวจเมืองโบลเดอร์ ว่า การ์เนตส่งสำนวนคดีคืนมายังกรมของเขาเพื่อให้คณะของเขาสอบสวนใหม่ และ "บางคดีก็แก้ไขไม่ได้ แต่บางคดีได้ ฉะนั้น คุณจะถอนใจไม่ได้"
การที่ผู้เชี่ยวชาญ สื่อมวลชน และบิดามารดาของผู้ตายเองเผยแพร่ข้อมูลคดีทำให้เกิดสมมุติฐานหลายรูปแบบ สมมุติฐานที่ว่า นางแรมซีย์ทำร้ายบุตรเพราะบันดาลโทสะที่เธอทำที่นอนเปียกในคืนเกิดเหตุ แล้วจึงฆ่าเธอเสียเพื่ออำพรางการทำร้ายนั้น ได้รับการสนับสนุนจากเจ้าพนักงานตำรวจเป็นเวลานาน นอกจากนี้ ในเดือนพฤศจิกายน 1997 ผู้เชี่ยวชาญลายมือหลายคนว่า นางแรมซีย์น่าจะเป็นต้นคิดทำจดหมายเรียกค่าไถ่ และเป็นไปได้ที่นางจะลงมือทำอะไรมากกว่านี้ สำนักงานสอบสวนรัฐโคโลราโดรายงานว่า "มีข้อบ่งชี้ว่า แพทริเชีย แรมเซีย์ เขียนจดหมายเรียกค่าไถ่" แต่ก็ไม่อาจพิสูจน์ข้ออ้างนี้ได้แต่ประการใด
มีสมมุติฐานว่า นายแรมซีย์ได้ทารุณบุตรสาวตนเองในทางเพศแล้วฆ่าเธอเพื่อปกปิดความผิด ที่เชื่อว่า คนทารุณและฆ่าจ็อนเบอเน คือ เบิร์ก พี่ชายของเธอซึ่งขณะนั้นอายุได้เก้าปี ก็มี และคณะลูกขุนใหญ่ยังเรียกเบิร์กมาไต่สวนด้วย ในปี 1999 บิล โอเวินส์ (Bill Owens) ผู้ว่าการรัฐโคโลราโด กล่าวแก่นายและนางแรมซีย์ว่า "เลิกหลบอยู่หลังก้นทนายคุณเสีย เลิกหมกตัวอยู่หลังบริษัทที่พวกคุณจ้างมากู้หน้าให้เสียที" ในชั้นแรก ๆ เจ้าพนักงานตำรวจเพ่งเล็งสมาชิกครอบครัวแรมซีย์เป็นพิเศษ กระนั้น ไม่ปรากฏในบันทึกราชการว่า นายและนางแรมซีย์เคยมีพฤติกรรมก้าวร้าว
ครอบครัวแรมซีย์ถือเสมอว่า มีคนนอกบุกรุกเข้ามาแล้วกระทำความผิดอาญานั้น พวกเขาจ้าง จอห์น อี. ดักลัส (John E. Douglas) อดีตหัวหน้าหน่วยวิทยาการพฤติกรรมของสำนักงานสอบสวนกลาง มาสืบคดีให้ ดักลัสเขียนและขายเมื่อปี 2001 ซึ่งหนังสือชื่อ เดอะเคสเซสแดตฮอนต์อัส (The Cases That Haunt Us) เขาประเมินรูปคดีไว้อย่างละเอียดในบทหนึ่งของหนังสือดังกล่าว โดยสรุปว่า นายและนางแรมซีย์ไม่เกี่ยวข้องกับฆาตกรรมจ็อนเบอเน เพราะเหตุผลสี่ประการ คือ ไม่มีพยานวัตถุเชื่อมโยงนายและนางแรมซีย์กับฆาตกรรม ทั้งพยานวัตถุที่พบใกล้ศพจ็อนเบอเนยังชี้ว่า มีบุคคลไม่ทราบตัวรุกล้ำเข้าบ้านตระกูลแรมเซย์ด้วย, ไม่ปรากฏแรงจูงใจที่น่าเชื่อได้ว่าก่อให้นายและนางแรมซีย์ฆ่าบุตร ดักลัสพิจารณาสมมุติฐานเรื่องจ็อนเบอเนทำเตียงเปียก นางแรมซีย์จึงพลั้งมือทำรุนแรงแล้วฆ่าทิ้งหนีความผิดนั้นว่า เลื่อนลอย ทั้งยังขัดแย้งกับอุปนิสัยของนางแรมซีย์ด้วย, ไม่ปรากฏพยานหลักฐานว่า เคยมีการทำร้ายร่างกาย, ทอดทิ้งไม่แยแส, กระทำอนาจาร หรือลักษณะพฤติกรรมรุนแรงอย่างอื่นในครอบครัวแรมซีย์ ต่างจากคดีบิดามารดาฆ่าบุตรคดีอื่น ๆ ส่วนใหญ่, และ พฤติกรรมของนายและนางแรมซีย์หลังจ็อนเบอเนสิ้นชีวิตแล้ว หาผิดแผกไปจากกิริยาอาการของบิดามารดาทั่วไปเมื่อบุตรถูกฆ่าแม้เพียงสักน้อยไม่ ต่างจากบิดามารดาที่ฆ่าบุตรในคดีอื่น ๆ
เพราะตระหนักดีว่า ที่ผ่านมาเด็กจำนวนมากถูกบิดามารดาหรือญาติของตนฆ่า ดักลัสจึงมิได้ติเตียนพนักงานสืบสวนที่เพ่งเล็งสมาชิกครอบครัวแรมซีย์อย่างใกล้ชิด ทว่า ดักลัสตำหนิเจ้าพนักงานเมืองโบลเดอร์ว่า สอบสวนคดีได้ "ห่วยแตก" (deeply flawed) เพราะไม่ปิดกั้นที่เกิดเหตุ หนำซ้ำยังมีฝ่ายการเมืองเข้าแทรกแซงการสอบสวน และเจ้าพนักงานยังบอกปัดความช่วยเหลือจากส่วนกลางและภาคเอกชนด้วย เป็นต้น เขากล่าวว่า ในแต่ละปี ตำรวจเมืองโบลเดอร์ทำคดีฆ่าคนเพียงคดีหรือสองคดี สติปัญญาจึงไม่เท่าทันคดีจ็อนเบอเน เขาอ้างถึงคดีอื่น ๆ หลายคดีที่เจ้าพนักงานท้องถิ่นได้รับคำปรึกษาหรือความร่วมมือจากส่วนกลาง จึงคลี่คลายปริศนาที่นอกเหนือประสบการณ์ตามปรกติของฝ่ายท้องถิ่นได้ ดักลัสตบท้ายว่า อาจไม่มีใครสามารถคลี่คลายปมคดีจ็อนเบอเนก็ได้
ดักลัสยังเสริมว่า เมื่อว่ากันตามหลักฐานแล้ว เป็นไปได้มากที่ผู้ร้ายเป็นหนุ่มหรือสาวซึ่งกระสันเด็กหรือปรารถนารีดเงินจากครอบครัวร่ำรวย เขาเห็นว่า จดหมายเรียกค่าไถ่นั้นเขียนขึ้นก่อนเกิดเหตุ และใช้ภาษาเลียนแบบภาพยนตร์เรื่อง ค่าไถ่เฉือนคม (Ransom) (1996) และ เร็วกว่านรก (Speed) (1994) เขายังว่าผู้ก่อเหตุได้แรงบันดาลใจมาจากภาพยนตร์ดังกล่าวด้วย
ต้นปี 1997 ลู สมิต (Lou Smit) พนักงานสอบสวนผู้มากประสบการณ์ และเกษียณแล้ว ได้กลับมาช่วยเจ้าพนักงานเมืองโบลเดอร์ในคดี เดิมสมิตก็สงสัยบิดามารดาของจ็อนเบอเน แต่เมื่อประเมินพยานหลักฐานทั้งหลายที่เขารวบรวมได้ ก็สรุปว่า มีคนนอกบุกรุกเข้าบ้านแรมซีย์แล้วฆ่าจ็อนเบอเน ดักลัสเขียนในหนังสือ เดอะเคเซสแดตฮอนต์อัส ดังกล่าวว่า เขาไม่เห็นพ้องกับการตีความบางข้อของสมิต แต่เห็นว่า สมิตสอบสวนและสรุปดี ซึ่งเขาเห็นด้วยในผล ดักลัสยังยกย่องสมิตเป็นพิเศษที่สังเกตเห็น "ปืนไฟฟ้า" ซึ่งใช้ทำให้จ็อนเบอเนไม่ได้สติ อันปรากฏอยู่ในภาพชันสูตรพลิกศพ และเจ้าพนักงานตำรวจเคยมองข้ามไป สำหรับสมิตนั้น แม้ร่วมทำคดีในฐานะผู้ช่วย มิใช่เจ้าพนักงานผู้รับผิดชอบ แต่ก็ไม่ลดละจนถึงนาทีสุดท้ายของชีวิตในปี 2010
สตีเฟน ซิงกิวลาร์ (Stephen Singular) นักหนังสือพิมพ์แนวสืบสวนสอบสวน และผู้แต่งหนังสือเรื่อง พรีซูมด์กิลที — แอนอิสเวสติเกชันอินทูเดอะจ็อนเบอเนแรมซีย์เคส, เดอะมีเดียแอนด์เดอะคัลเจอร์ออฟพอร์นอกราฟี (Presumed Guilty — An Investigation into the JonBenet Ramsey Case, The Media and the Culture of Pornography) เสนอว่า เป็นไปได้ที่ฆาตกรรมจ็อนเบอเนเกี่ยวข้องกับอุตสาหกรรมใช้เด็กผลิตสื่อลามก เขาว่า ผู้ชำนัญพิเศษเรื่องอาชญกรรมไซเบอร์ที่เขาปรึกษาด้วยเชื่อว่า เพราะจ็อนเบอเนน่ารักและเคยประกวดนางงาม เธอย่อมดึงดูดความสนใจและเป็นตัวเด่นสำหรับพวกกระสันเด็กเป็นธรรมดา ฉะนั้น จึงเหมาะที่สุดที่จะใช้เธอผลิตสื่อลามก
เพราะมีพยานหลักฐานขัดแย้งกันมากมาย ดังนั้น คณะลูกขุนใหญ่จึงไม่อาจชี้ชัดว่า ใครมีมูลเหตุฆ่าจ็อนเบอเน และไม่ช้าไม่นานหลังจ็อนเบอเนตาย นายและนางแรมซีย์ย้ายไปอาศัยบ้านหลังใหม่ในเมืองแอตแลนตา นอกจากนี้ หัวหน้าคณะพนักงานสอบสวนสองคนยังลาออก โดยคนหนึ่งเห็นว่า การสอบสวนละเลยประเด็นที่คนนอกอาจบุกรุกเข้าบ้านแรมซีย์แล้วฆ่าผู้ตายไปสิ้นเชิง และอีกคนว่า การสอบสวนแนวทางนี้ไม่ช่วยให้เอาตัวนายและนางแรมซีย์มาลงโทษได้เลย
ตั้งแต่จ็อนเบอเนตาย ก็มีคดีหมิ่นประมาทเกิดในโรงศาลหลายคดี คดีส่วนใหญ่นั้น คณะทนายความซึ่งมีแอล. ลิน วูด (L. Lin Wood) เป็นหัวหน้า เป็นโจทก์ฟ้องร้องแทนครอบครัวแรมซีย์ โดยมีสื่อมวลชน ได้แก่ สำนักข่าวเซนต์มาร์ติน (St. Martin's Press), บริษัทไทม์ (Time, Inc.), เดอะฟ็อกซ์นิวส์แชนแนล (The Fox News Channel), บริษัทอเมริกันมีเดีย (American Media, Inc.X), สตาร์ (Star), เดอะโกล็บ (The Globe), คอร์ตทีวี (Court TV) และ เดอะนิวยอร์กโพสต์ (The New York Post) เป็นจำเลยตามลำดับ ขณะที่บุคคลสองคนซึ่งหนังสือ เดอะเดทออฟอินเนอเซนซ์ (The Death of Innocence) ว่า ถูกพนักงานสอบสวนเมืองโบลเดอร์ถามปากคำในฐานะผู้ต้องสงสัยฆ่าจ็อนเบอเน ฟ้องนายและนางแรมซีย์ว่าหมิ่นประมาทพวกเขาด้วย ในสองคดีหลังนี้ ทนายความลิน วูด และคณะทนายความจากเมืองแอตแลนตา คือ เจมส์ ซี. รอส์ (James C. Rawls), เอริก พี. โชรเดอร์ (Eric P. Schroeder) และ เอส. เดเร็ก เบาเออร์ (S. Derek Bauer) ว่าความให้จำเลย และจูลี คาร์เนส (Julie Carnes) ตุลาการศาลแขวง พิพากษายกฟ้อง
ในเดือนพฤศจิกายน 2006 ร็อด เวสต์มอร์แลนด์ (Rod Westmoreland) เพื่อนของนายแรมซีย์ ฟ้องคดีหมิ่นมาทอีกคดีหนึ่ง โดยมีคีธ กรีเออร์ (Keith Greer) เป็นจำเลย ด้วยกรีเออร์ใช้นามแฝงว่า "อันเดอร์เดอะเรดาร์" (undertheradar) แล้วลงข้อความในอินเทอร์เน็ตหาว่า เวสต์มอร์แลนด์ร่วมลักพาและฆ่าจ็อนเบอเน
มีการรื้อคดีนี้ขึ้นในเดือนตุลาคม 2010 ฝ่ายบ้านเมืองได้ตั้งคณะกรรมการขึ้นคณะหนึ่ง ประกอบด้วยพนักงานสอบสวนท้องถิ่นและส่วนกลาง คณะกรรมการได้สอบสวนคดีและถามปากคำผู้เกี่ยวข้องใหม่ทั้งหมด โดยเจ้าพนักงานตำรวจหมายจะใจใช้เทคโนโลยีดีเอ็นดีรุ่นล่าสุดด้วย
